Algunos grupos sociales más vulnerables resultan particularmente afectados por el fenómeno de las desapariciones forzadas. En particular:

• Mujeres: en algunos países un objetivo específico de la práctica de la desaparición forzada fueron las mujeres embarazas, particularmente afectadas por el delito ya que se las forzó a vivir la experiencia traumática de la privación de libertad (en muchos casos seguida de torturas y tratamientos inhumanos y degradantes) y el aislamiento del mundo exterior en un momento tan delicado de su vida, temiendo por su vida y por la del hijo no nacido. Muchas de estas mujeres fueron obligadas a dar a luz en cautividad, en lugares en ínfimas condiciones higiénicas y sin ayuda médica. En muchos de estos casos, después de haber dado a luz, las mujeres vieron cómo los captores se llevaban a sus bebés para ser posteriormente arbitrariamente asesinadas. Además las mujeres son con frecuencia las esposas de los desaparecidos que representan el sostén económico de la familia.
• Niños: pueden ser tanto víctimas materiales como familiares de un desaparecido. En cualquiera de los dos casos los niños son particularmente vulnerables y el impacto de una experiencia tan enormemente traumática puede afectarles en su desarrollo posterior.
• Pueblos indígenas: miembros y en particular líderes de grupos indígenas han sido frecuentemente el objetivo de las desapariciones forzadas. En estos casos, por encima de otras violaciones graves, existe también una violación a su derechos culturales y religiosos y en muchas ocasiones las víctimas sufren también una grave violación de su identidad.
• Personas con discapacidades  (disminuidos psíquicos o físicos): en algunos países las personas con discapacidades han venido siendo el objetivo de las desapariciones forzadas. Debido a su vulnerabilidad, el impacto y las consecuencias de las desapariciones, tanto en su faceta física como psicológica, pueden alcanzar una intensidad enorme.
• Activistas (defensores de los derechos humanos, activistas, politicos de la oposición, profesores y periodistas): este grupo de personas viene siendo con frecuencia otro objetivo común de las desapariciones forzadas en todo el mundo. En este caso no sólo se produce una violación de sus derechos a la libertad de expresión y de pensamiento político  sino que todo el grupo o asociación en general al que pertenece pasa a vivir en un clima de terror que puede acarrear tratamiento inhumano como resultado de una intimidación directa que disturbe seriamente el desempeño de sus actividades normales.