Los Estados o gobiernos tienen la obligación de impedir que tengan lugar desapariciones forzadas en su país. La prevención de este crimen puede hacerse de diversas maneras:

Las leyes de amnistía (leyes que absuelven de manera retroactiva a un grupo de personas, normalmente a jefes militares y de gobierno, de la responsabilidad penal por sus crímenes) y medidas similares pueden facilitar las desapariciones forzadas y promover la impunidad. Estas leyes deben ser abolidas si los resultados de su aplicación y puesta en práctica son:

• Poner fin a las obligaciones de investigar, procesar y castigar de los Estados
• Impedir la rehabilitación, compensación y reparación adecuada
• Ocultar los nombres de los perpetradores
• Perdonar a los perpetradores de las desapariciones, quienes por lo tanto no tienen la obligación de indemnizar a la víctima
• Sobreseer procesos judiciales penales o cerrar investigaciones o imponer sanciones insignificantes

Si se adoptan leyes de amnistía deben aplicarse limitaciones como:

• Las sanciones penales no deben ser completamente eliminadas
• Los indultos sólo deben estar garantizados tras un proceso de paz
• Los perpetradores sólo deberían beneficiarse de tales leyes si el Estado ha investigado en su totalidad las circunstancias pertinentes concernientes a las desapariciones y garantiza la satisfacción del derecho a justicia, verdad y compensación de las víctimas

Aunque las leyes antiterrorismo son una herramienta necesaria para combatir el terrorismo deberían aplicarse siempre respetando el derecho internacional, los derechos del refugiado y el derecho humanitario internacional.

La Declaración de Berlín de 2004 sobre la Defensa de los Derechos Humanos y el Estado de Derecho en la Lucha contra el Terrorismo es un instrumento fundamental en este sentido. Establece las siguientes normas mínimas:

• Todos los Estados tienen la obligación de respetar y garantizar los derechos y libertades fundamentales de las personas sujetas a su jurisdicción.
• En el desarrollo e implementación de las medidas antiterroristas, los Estados tienen la obligación de garantizar la independencia del sistema jurídico y su competencia en materia de control de las medidas estatales.
• Los Estados deben garantizar que las personas sospechosas de estar involucradas en actos terroristas sean acusadas únicamente de delitos definidos de forma estricta y precisa por la ley.
• Los Estados no deben suspender derechos que no son derogables según el derecho de los tratados o el derecho consuetudinario.
• Los Estados deben observar en todo momento y en toda circunstancia la prohibición contra la tortura y tratos crueles, inhumanos o degradantes.
• Los Estados no pueden mantener incomunicada o detenida a una persona de forma clandestina o y deben llevar un registro de todos los detenidos.
• Los Estados deben garantizar que los presuntos delincuentes sean juzgados sólo por tribunales independientes e imparciales establecidos por la ley y que cuenten con todas las garantías de un juicio justo.
• Los Estados deben garantizar que cualquier persona afectada por medidas antiterroristas estatales obtenga una compensación efectiva.